협정관세 사후적용 등에 관한 업무 처리 지침 시행 안내
[관세청 자유무역협정집행기획담당관실, 2021. 3. 18.]

「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제8조 및 제9조에 따라 협정관세 적용을 신청하여 적용받은 물품에 대한 협정관세 적용 재신청, 협정관세 적용 내역 변경 시 처리절차 등을 규정한 「협정관세 사후적용 등에 관한 업무 처리 지침」을 붙임과 같이 제정하여 시행하오니 업무에 참조하시기 바랍니다.
※ 「자유무역협정관세 재적용 처리 방법」('14.11.5.),「자유무역협정관세 적용 관련 업무처리 지침」('15.6.25.),「1국 2개 협정 적용 수입물품에 대한 협정관세 사후적용 업무처리 지침」('18.8.14.)은 본 지침의 시행에 따라 폐지

협정관세 사후적용 등에 관한 업무 처리 지침
[관세청 자유무역협정집행기획담당관실, 2021. 3. 18.]

이 지침에서 '자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률', '같은 법 시행령', '같은 법 시행규칙', 및 '자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 사무처리에 관한 고시'는 각각 'FTA관세법', 'FTA관세법 시행령', 'FTA관세법 시행규칙', 및 'FTA특례고시'라 지칭한다.

Ⅰ. 목 적
□ 본 지침은 FTA관세법 제9조에서 규정한 협정관세 사후적용 업무 등의 집행과 관련한 처리절차를 명확히 하는데 목적이 있음

Ⅱ. 적용 대상
□ FTA관세법 제8조제1항, 제9조제1항 및 제2항의 규정에 따라 수입자가 협정관세의 적용을 신청하여 협정관세를 적용받았으나, 협정관세 적용요건 위반, 원산지증빙서류의 오류, HS번호 등 협정관세 적용 내역의 변경으로 인해 협정관세 적용을 재신청하거나 협정관세 적용신청서의 정정 여부에 대한 판단이 필요한 물품

Ⅲ. 업무처리 지침
1. 일반원칙
□ 협정관세를 적용받았으나 원산지증빙서류 미소지 등 협정관세 적용 요건을 갖추지 못하여 세액의 보정·수정 등을 통해 부족세액을 납부한 수입자는 협정관세 사후적용을 신청할 수 있는 '수입신고 수리전까지 협정관세 적용신청을 하지 못한 수입자'로 볼 수 있음

□ 세관장은 협정관세를 적용받은 수입물품에 대해 보정‧수정‧경정 등 관세법 제38조의2 또는 제38조의3의 규정에 따른 세액의 정정과 관련한 신청을 받은 경우에는 원산지 결정에 영향을 미치는 내역이 변경되었는지 여부를 확인하여야 하며, 이를 위해 수입자에게 FTA관세법 제16조에 따라 원산지증빙서류 등의 제출을 요구하거나, 협정관세 적용신청서를 정정하도록 안내할 수 있음

2. 협정관세 적용의 재신청 : 세액의 정정으로 협정관세 적용 신청이 취소되어, 협정관세 사후적용을 신청할 수 있는 경우
가. 적용대상 사례
1) 수입자가 유효한 원산지증빙서류를 갖추지 아니하고 협정관세 적용을 신청하여 적용받은 경우
* (예시1) 협정관세 적용신청 시 원산지증명서가 발급되지 않았거나, 수입자가 이를 소지하지 아니한 경우
* (예시2) 협정관세 적용신청 시 해당하는 협정상의 원산지증명서가 아닌 다른 원산지증명서를 소지한 경우
2) 이미 적용받은 협정이 아닌 다른 협정으로 협정관세 적용을 받고자 하는 경우
* (예시) 베트남에서 수입된 물품에 대해 한-아세안 FTA에 따른 협정관세를 적용받았으나, 이를 취소하고 한-베트남 FTA를 적용받고자 하는 경우
3) 1) 또는 2)에 해당하지 않더라도 수입자가 부족세액을 납부하여 적용받은 협정관세를 취소하고 다시 협정관세를 적용받고자 하는 경우

나. 협정관세 사후적용 절차
1) 수입자는 관세법 제38조의2 또는 제38조의3의 규정에 따른 보정·수정·경정 등의 절차를 통해 부족세액과 함께 FTA관세법 제36조에 따른 가산세를 납부
2) 수입자는 해당 물품의 수입신고 수리일로부터 1년 이내에 적용받고자 하는 협정의 유효한 원산지증명서를 갖추어 FTA관세법 제9조제1항에 따라 협정관세 사후적용을 신청할 수 있으며, 이 경우 세관장은 같은 조 제4항 및 제5항에 따라 처리
3) 협정관세 사후적용에 따라 납부할 관세가 없거나, 관세의 감액이 발생하는 경우 수입자는 이에 해당하는 가산세의 전부 또는 일부의 환급을 신청할 수 있음

3. 협정관세 적용신청서의 정정 등
3-1. 협정관세 적용을 신청하여 적용받았으나 원산지결정에 영향을 미치는 내역의 변경 등으로 협정관세 적용신청서를 정정하는 경우
가. 적용대상 사례
1) 수입자가 원산지증빙서류 또는 협정관세 적용신청 내역의 오류를 체약상대국의 수출자나 세관장에게 통보받거나, 이를 확인하고 보정·수정·경정 등의 절차를 통해 부족세액을 납부하는 경우
2) 수입자가 협정관세 적용신청서의 기재사항 중 수입자, 수출자 및 생산자의 정보에 해당하는 내용이 변경되었음을 알고 FTA관세법 시행령 제4조제4항에 따라 세관장에게 변경사항을 통보하는 경우
3) 협정관세를 적용받은 물품에 대해 세관장이 수입자가 신고한 HS번호와 다른 HS번호를 적용한 결과, 원산지증명서 HS번호의 원산지결정기준이 변경된 HS번호의 원산지결정기준을 충족하지 못하거나 충족 여부를 확인하기 곤란한 경우(세율차 발생 여부 무관)
* (예시) 수입신고 시 협정관세 적용을 신청한 물품이 수리 후 분석대상으로 지정되어 분석한 결과 수입신고한 HS번호와 다른 HS번호로 결정되는 경우
※ 변경된 HS번호로 원산지증명서에 기재된 HS번호에 따른 원산지결정기준을 충족하는지 여부 확인 방법은 「품목분류번호 해석 상이 등에 따른 업무처리 지침('20.8.4.개정)」 참조

나. 협정관세 적용신청 내역 변경 신청 및 심사 절차
1) 협정관세 적용신청 내역을 변경하고자 하는 수입자는 FTA특례고시 별지 제1호 서식의 협정관세 적용신청 정정 신청서(전자문서)와 함께 원산지증명서를 포함한 관련 증빙서류를 세관장에게 제출
2) 세관장은 제출받은 서류를 심사*하여 협정관세를 적용받은 수입물품이 해당 협정, 법령 등에서 정한 협정관세 적용 요건을 충족함이 인정되는 경우에는 협정관세 적용신청 정정을 승인
* FTA특례고시 제11조~제13조, 제18조 및 제19조 규정을 준용
3) 세관장은 협정관세 적용신청 정정신청서를 심사하는 과정에서 수입자에게 제출받은 원산지증명서가 FTA관세법 시행규칙 제21조제5항에 따른 보완 요구 대상에 해당하는 경우에는 5일 이상 45일 이내의 기간을 정하여 보완을 요구하여야 함

1. 인증수출자의 인증번호가 체약상대국으로부터 통보받은 인증수출자 번호체계와 일치하지 않는 경우
2. 원산지증명서 작성자의 주소가 체약상대국이 아닌 다른 국가로 기재된 경우
3. 협정관세를 적용받은 수입신고 내역과 일치하지 않는 경우
4. 원산지증명서의 기재사항이 협정 및 법에서 정한 기재방법과 상이한 경우
4) 세관장은 수입자가 제출한 자료로 원산지 등 해당 협정과 법령에서 정한 요건을 충족한다고 인정하기 어렵거나, 수입자가 세관장의 자료제출 및 보완요구 등을 이행하지 아니한 경우 협정관세 적용을 배제하거나, 관할세관 원산지조사 부서에 검증의뢰 할 수 있음
5) 세액의 변경과 관련한 사안에 대해서는 관세법 제38조의2 또는 제38조의3의 규정에 따른 보정·수정·경정 등의 절차를 준용

3-2. 협정관세를 적용받은 물품의 수입신고 내역 등이 변경되더라도 수입물품의 원산지결정에 영향을 미치지 않는 경우
가. 적용대상 사례
1) 수입자가 협정관세를 적용받은 물품에 대해 세관장이 신고한 HS번호와 다른 HS번호를 적용하였으나, 수입물품의 원산지 결정에는 영향을 미치지 않는 경우(세율차 발생 여부 무관)
* (예시) 협정관세를 적용받은 수입물품에 대해 HS번호 6단위 이하가 변경되어 적용되는 협정관세율이 달라지는 경우
※ 변경된 HS번호로 원산지증명서에 기재된 HS번호에 따른 원산지결정기준을 충족하는지 여부 확인 방법은 「품목분류번호 해석 상이 등에 따른 업무처리 지침('20.8.4.개정)」 참조
2) 수입신고 내역의 변경, 원산지증명서의 기재 오류 등이 해당물품의 원산지 결정에 영향을 미치지 아니하는 경미한 사항임이 송품장 등의 무역서류로서 확인되는 경우
* (예시1) 수입신고서의 품명, 규격, 과세가격 등이 변경되었으나, 물품의 원산지 결정에 영향을 미치지 않는 경우
* (예시2) 원산지증명서의 품목별 원산지결정기준이 "CC"로 기재되어 있으나, 협정에서 정하는 해당 물품의 품목별 원산지결정기준이 "CTH" 인 경우

나. 처리 절차
1) 세관장은 수입물품의 원산지 지위에 합리적 의심이 없는 경우 수입자에게 원산지증빙서류 또는 협정관세 적용신청 정정신청서등의 제출을 요구하지 아니함
2) 세액의 변경과 관련한 사안에 대해서는 관세법 제38조의2 또는 제38조의3의 규정에 따른 보정·수정·경정 등의 절차를 준용

Ⅳ. 시행일자
□ 이 지침은 협정관세 사후적용 신청 대상 해석과 관련한 회신 공문(기획재정부 자유무역협정관세이행과-92('21.3.4.)호)이 시행된 날 이후 협정관세 사후적용 신청(결정·경정 포함)하는 수입물품에 대해 적용함
□ 「자유무역협정관세 재적용 처리 방법」('14.11.5.), 「자유무역협정관세 적용 관련 업무처리 지침」('15.6.25.), 「1국 2개 협정 적용 수입물품에 대한 협정관세 사후적용 업무처리 지침」('18.8.14.)은 본 지침의 시행에 따라 폐지함